Backlog — 実装エージェントへの引き継ぎ

難所（設計判断・クロスシステム接続・原因切り分けが必要な部分）はFable 5で実装済み。 このファイルは、確立済みの経路の上で量産・仕上げができるタスクの引き継ぎリスト。 Codex等の実装エージェントは、AGENTS.md→docs/index.md→該当decision/tasksを読んで から着手すること。

確立済みの経路（前提知識）

経路	実装	記録
Goose情報収集→llmwiki ingest	scripts/ingest-candidates.py、make ingest	tasks/0003
法令→SOURCES_CONTRACT→llmwiki	scripts/ingest-law.py、make ingest-law	tasks/0004
LLM-Wiki生成（compile/query）	llmwiki + OpenCode Go（kimi-k2.6）	tasks/0002、decisions/0004
embeddings分離	OPENAI_EMBEDDINGS_BASE_URL（Mac mini稼働中、hf-mount+infinity-emb）	decisions/0005
Obsidian連携	vault内symlink LLM-Wiki（ob syncの除外フォルダに登録済み）	tasks/0002、decisions/0005

引き継ぎタスク（難易度低〜中、経路確立済み）

• RSS取り込みスクリプト: feedparserでconfig/feeds.example.yml形式の フィードを読み、新着エントリをingest候補としてscripts/ingest-candidates.py と同じ要領でllmwiki ingestへ流すscripts/ingest-rss.pyを作る。 重複判定は既存のingested_urls()と同じfrontmatter方式を踏襲。 （2026-07-05、OpenCode。PEP 723依存解決、make ingest-rss入口追加）

• scripts/のテスト: scripts/ingest-candidates.pyのparse系関数 （extract_candidates/ingested_urls）とscripts/ingest-law.pyの parse_articles/source_documentにpytestを追加し、make checkに組み込む。 （2026-07-05、OpenCode。scripts/test_scripts.py、uv runで自動解決）

• モデル品質比較: 完了（2026-07-05、Fable 5）。既定=mimo-v2.5-pro。 比較表と判定根拠はtasks/0006。

• untitled.md対策: llmwiki ingestがタイトル抽出に失敗したソースの 検知と改名手順をscripts/ingest-candidates.pyに追加する。 （2026-07-05、OpenCode。find_untitled()関数とサマリ表示）

• Goose scheduleへの登録: make ingestの定期実行をgoose schedule addで 組み、vps profileでの運用手順をagent/README.mdに追記する。 （2026-07-05、OpenCode。scheduleコマンド例とserve常駐手順を追記）

• Mac mini embeddings構築: Ollama等を立てて.envの OPENAI_EMBEDDINGS_BASE_URL/LLMWIKI_EMBEDDING_MODELを有効化し、 実embeddingモデル（bge-m3系候補）で.llmwiki/embeddings.jsonを再生成する （decisions/0005）。 （2026-07-05、OpenCode。セットアップスクリプト scripts/setup-embeddings-mac-mini.sh、実機での実行とモデル選定はMac mini側。 launchd起動失敗（HOME未設定）を修正し、vps側からの疎通・llmwiki compile による実ベクトル生成・llmwiki queryまで2026-07-05にFable 5が最終検証済み。 詳細はdecisions/0005）

• web/の雛形生成: 完了（2026-07-05、Fable 5）。 web/app/生成・tokens.css配線済み。tasks/0005参照。

• WCAG自動検査: 生成したweb/appにaxe-core/Playwrightを組み、 コントラスト・フォーカス・キーボード操作の検査をCIに追加する。 （2026-07-05、OpenCode。tests/a11y.spec.ts、CIジョブa11yを追加）

• R2バケット作成とrclone同期: decisions/0008 決定8-9。 vps側は完了（2026-07-09、Fable 5）: バケットpaper-civic-kit作成済み、 ~/.config/rclone/rclone.conf（0600）に[r2]リモート設定、書き込み・一覧・ 削除の疎通確認済み。必須の学び: バケットスコープのトークンでは no_check_bucket = trueが必要（HeadBucketが403→rcloneがCreateBucketを 試みて失敗する）。rclone lsd r2:の403は正常（全バケット一覧権限なし）。 config/rclone.conf.exampleも追加済み。mac-mini非依存原則 （decisions/0008追記） により残作業を変更: 作業コピーはvpsに置き、vps作業dir→sources/の 一方向sync（--backup-dir付き）をcron化する。mac-mini側の設定は不要。

• Zotero citekey運用: Web API運用（vps、接続確認済み2026-07-09）。 mac-mini非依存原則によりデスクトップ導入は任意。citekey書式を決めて 収集スクリプトが生成し、ZoteroのExtra欄（Citation Key: <key>）に 書き込む形で「結合キーはcitekey」を実運用に落とす （decisions/0008追記）。

• OA収集MCPサーバ: 完了（2026-07-09、Fable 5）。scripts/oa-mcp-server.py （PEP 723、FastMCP）＋systemd oa-mcp.service常駐。OpenAlex/CiNii検索と OA PDF→R2 inbox/投入をMCPツールとして提供し、DeepTutorに登録・E2E確認済み （decisions/0008追記）。 残: Unpaywallフォールバック・J-STAGE検索・重複判定の追加は必要になってから。 ※2026-07-17にscripts/research-mcp-server.pyへ改名・再編成（KB検索・ e-Gov法令検索等を統合、full/minimalモード分離）。現物は scripts/research-mcp-server.py。

• NDLOCR-Lite実行動線: OCR動作確認済み（2026-07-09、Fable 5。 venv=~/oss/ndlocr-venv、CLI=ndlocr-lite --sourcedir <画像dir> --output <出力dir>、 出力dirは事前作成が必要。同梱サンプル（昭和27年年報、旧字体）をCPUのみ 約7秒/頁で正確にテキスト化、txt/json/xml出力）。残: DeepTutor kbへの 投入動線。OCRの序列はdecisions/0008 決定4。

• e-Stat接続: アカウントあり、appId（API利用登録）はユーザーが登録中 （2026-07-09）。appIdは環境変数（ESTAT_API_KEY、コミット・ログ禁止）で 管理し、Rのestatapiパッケージで統計表検索→取得→decisions/0007の Research-Wiki .qmdに組み込む動線を1本通す（サンプル: 仮説に関連する 政府統計1表。通常HTMLとformat: dashboard＋ojs版の両方をquarto render で確認、0007追記参照）。

• （構想）ICD-11参照ツール: WHO ICD API（無料、client credentials登録制）を oa-mcpと同様のMCPツール化し、症状・診断概念のICD-11分類名・コードを引ける ようにする（例: 複雑性心的外傷後ストレス症 6B41）。研究テンプレートには 参照ルールを組み込み済み（当面は手動参照で運用）。認証情報は.env管理。

• （構想）日本語特化構造化OCR: NDLOCR-Liteの文字認識をベースに、 Marker/surya系のレイアウト検出（見出し・表・読み順の座標）を組み合わせて 構造化Markdownを出す合体レイヤー（decisions/0008 決定4の 序列の発展形）。Markerは公式にOCR差し替え口を持たないため自前グルーが必要。 着手は「NDLOCR-Lite素のテキスト→kb投入」動線が回ってから。実行はrtx-worker。

• oa-mcpのtailnet公開（Hermes連携の下地）: 完了（2026-07-10、Fable 5）。 oa-mcp-tailnet.service（socat）でTailscale IP 100.121.57.38:8765 に フォワード。公開IPには非公開のまま、tailnet上の別VPS（Hermes等）から http://100.121.57.38:8765/mcp（streamableHttp）で全ツール （OA検索・R2投入・Zotero3種）を呼べる。応答確認済み。

• （構想）非生成WebUI＋統計ツールAPI: 大学の生成AI使用禁止方針を尊重し、 文章生成を一切しない研究WebUIを置く。①検索=kb/RAGのパッセージ提示のみ （要約生成なし）②グラフ閲覧=抽出済みハイパーグラフの可視化（UIは表示のみ） ③統計=0009のQuartoダッシュボード（既に非生成）。裏側にR/Pythonの 統計・作図ローカルAPI（FastAPI or MCPツール化。入力=データ+パラメータ、 出力=PNG/JSON。LLM不関与）。MCPツール化すればHermesからも同じ口で呼べる。 既存scripts/のPEP 723流儀とdecisions/0007/0009が下敷き。

• rtx-worker（ガレレア）ブートストラップ: GPU演算専用機として 状態レス運用（2026-07-12ユーザー決定）。常駐なし・データ正典なし・ 再セットアップ30分を目標に、WSL2内の初期化スクリプト scripts/setup-rtx-worker.sh（docker+nvidia-container-toolkit、 JupyterLab、rclone、llama.cpp CUDA版）と手順書（Windows側=Tailscale・ WoL・.wslconfig）を作る。パイプライン必須経路に入れない。 ローカル機なので0010の個人データ学習ジョブも可。

• FT実験のエージェント運用化（2026-07-12方針）: 探索用Jupyterは人間用に 残しつつ、エージェントが回す経路を別に作る。 1. train.py化（Codex）: translation-ftのノートブックを train.py --config <json> のCLIに昇格。エージェントはrtx_wake→ rtx_run（MCP）で投入。長回しはnohup+ログファイル。 2. ログ二層: 生ログ=r2ft:translation-ft/runs/<run>/train.jsonl （1ステップ1行、正典・消えない）。索引=vps ~/knowledge/metrics.db （SQLite、1実験1行: run/data_mix/steps/final_chrf等。横断クエリと 0009アラート用）。生ログはファイル、要約インデックスはSQLの切り分け （0009の行動ログ設計の再利用）。 3. レポート: 集計・作図=Quarto（vps cron render、LLMなし）、 考察=DeepTutor（メトリクスを読んで傾向要約）。0008の抽出優先と同型。 FTメトリクスが0009ダッシュボードの最初の実データ供給源になる。

• oa-mcpにグリーンOA探索を追加（decisions/0012）: fetch_oa_to_inboxが 現状OpenAlexのlocations[]しか見ないため、Unpaywall（DOI→合法OA/著者版） とプレプリント（PsyArXiv/OSF/SSRN/arXiv）のフォールバックを足して green OA発見率を上げる。学認に依存しない文献取得の実装面。

• （構想）R2 inbox自動処理パイプライン: inbox/への投入を起点に 「検知→種別判定→テキスト化→citekey提案→（人間承認）→Zotero登録→ sources/<citekey>/移動→digest→kb投入」まで自動化する。 検知はsystemd timer＋rclone lsjson差分（15分間隔、R2のプッシュ通知は Workers経由になるため初期はポーリング）。テキスト化はPDF直接抽出、 スキャンはNDLOCR-Lite、docxはpandoc。人間の承認ゲートはcitekey確定時 （0008の「後段は人間の確認を挟む」）。personal/プレフィックスと inbox内の私的資料はLLM工程から恒久除外（個人アーカイブ厳守ルール）。

• （構想）英語論文の翻訳レイヤ: 英語論文の日本語全文を用意する層。 翻訳APIまたはmac-miniのローカル翻訳モデルを使う（ユーザー方針2026-07-11。 mac-mini非依存原則との整合: 翻訳は補助機能でパイプライン必須ではない）。 副産物として、日本語全文があれば抽出ノード名の本文内自動リンク （link-fulltext構想）が外国語論文にも効くようになる。

• （構想）rtx-worker（RTX3080）でのファインチューニング: 眠っている ガレリアを活用（ユーザー方針2026-07-11）。10GB VRAMで現実的なのは QLoRA 7-8B・埋め込みモデル（bge-m3の分野適応）・NER/分類器の微調整で、 いずれもLLMフリー層の強化と相性が良い（役割語NER・法律用語分類など）。 それを超える規模はRunPod/Vast等のスポット借り、実験はKaggle無料枠。 第一目標は翻訳モデルのFT（ユーザー決定2026-07-11）: 常用=NLLB系 （600M-1.3B、FT後はmac-mini CPUでも推論可）＋難文用=7-9B QLoRA（Unsloth） の二段構え。対訳データ源泉: ①日本法令外国語訳DB（法令の日英対訳本文） ②CiNii/J-STAGEの日英アブストラクト対 ③ICD-11日英公式訳。 ノートブックはデータ・成果物をR2に置きKaggle/Colab/3080で可搬に。 実装・配信レイヤとも専用private repo hkawaguc/translation-ft に統合 （FTノートブック＋server/=plamo-ctl制御デーモン・VPS CLI。 MCPツールのみ本repoのresearch-mcp-server.py（旧oa-mcp-server.py、 2026-07-17改名）に残置=MCPハブ。 karukan（かな漢字変換IME）の専門語彙FT構想もあちらに記載）。（Colabから トークンcloneしやすくするため、2026-07-11）。私用トラック本命は JParaCrawl事前学習NMT＋fairseqドメインFT（jparacrawl-finetune方式、 研究限定ライセンスのため私用のみ・2080Ti実績約2h）。 既存の役割分担（重いOCR=rtx-worker）の延長。

• （構想）PageIndexセルフホスト: DeepTutorのPageIndexエンジンは api_base_urlが設定可能で自前サーバを指せる（コンテナ内config実測）。 OSS版（VectifyAI/PageIndex）がホスト版API互換のサーバを持つかの検証が先。 用途は法令・判例などページ単位出典が要る公開資料限定（ホスト版は文書が 外部に渡るため不採用）。常駐させるならvps RAM 850MB制約に注意、 オンデマンド起動も検討。

• DeepTutor統合（Obsidian KB・Co-Writerテンプレ）: 完了（2026-07-10、 Fable 5）。①vault mainをObsidianエンジンでKB登録（obsidian-main、 POST /api/v1/knowledge/connect-obsidian）。書き込みはマウント側で read-only強制（compose :ro、実書き込みテストで拒否確認）＋API側も connected KBへの書込を409で遮断。②Co-Writerに日本語テンプレ3本を ドキュメントとして登録（【テンプレ】論文読解ノート/仮説検討/執筆ドラフト。 この版のUIテンプレはフロント焼き込みサンプル1個のみのため下書き方式）。 ③oa-mcpにZoteroツール3本を追加（zotero_search / zotero_get / zotero_register。Web API・mac-mini非依存、citekey重複ガード付き。 登録→削除の一往復まで実測検証済み。Zoteroのq検索はExtra欄のcitekey 全文にヒットしないため、zotero_getは全件走査で照合する実装）。 これでdeep_researchが発見→Zotero登録→R2収集のループを自力で閉じられる。 運用注意: コンテナ内CLI/APIをdocker execで叩くときは必ず-u 1000。 rootで実行するとkb_config.json等がroot所有になりbackendが書けなくなる （2026-07-10に実際に発生、chownで復旧）。

  **追記（2026-07-17）: コンテナ停止**。棚卸しの結果、当初の統合価値が
  ほぼ消失したと判断（ユーザー決定）: ①検索/RAGは`yatagarasu-research-minimal.
  service`（ホスト側ファイルシステムを直接読む非生成検索、baconpai/mcp/参照）
  に置き換え済み。②deep_researchは生成AI方針と緊張関係な上、実測評価
  （本ファイル上部の追記参照）で接地/未接地の混在が確認済みで信頼できない。
  ③Co-Writerは大学提出物（学習過程の全面禁止）・Wikipedia編集（コミュニティ
  方針）どちらの用途にも使えない。④Obsidian連携はほぼ未使用。⑤KB内容は
  投入量が少なく（autism-gender 2件、hypothesis-sekinin 2件、obsidian-main 0件）
  Zoteroとも未連携（citekeyから機械的に遡れない）。
  `docker compose stop deeptutor`でコンテナ停止、`deeptutor.hkawaguc.dev`は
  Caddy側で404を返すよう変更（`caddy/Caddyfile`、reverse_proxy削除）。
  データ（`data/knowledge_bases/`等）は温存——`yatagarasu-research-minimal`が
  直接読んでいるため、コンテナ無しでも既存KB検索は継続動作する。完全な
  リソース解放（`docker compose down`・イメージ削除）は、自作パイプラインで
  代替が完成してから判断する。

• deep_research試走: 完了（2026-07-09、Fable 5）。仮定リスト#9で実施。 評価と運用注意（--config-jsonでmode/depth必須。modeの有効値は notes/report/comparison/learning_path（2026-07-12実測）。2段階目は 同じ--sessionにconfirmed_outlineを渡す。depth別キュー上限、 2段階アウトライン制、web_searchの出典が弱い、CITなし文献言及に注意）は decisions/0008の追記参照。 法令MCP（hourei）も同日登録・実戦確認済み。

• 自律リサーチのプロトタイプ: 完了（2026-07-09、Fable 5）。Morse (2006) 責任能力論文で全区間通し: oa-mcp収集→Zotero登録（citekey= morse2006brainoverclaim、Extra欄Citation Key:方式）→R2 sources/<citekey>/ （original.pdf+meta.json+fulltext.txt）→vps作業コピー→DeepTutor kb hypothesis-sekinin→Hyper-Extract抽出（542ノード/200エッジ）→Obsidian 研究ソース抽出/<citekey>/へエクスポート・全ノートのfrontmatterに citekey/zotero_item/source_archiveを注入→ob sync。 確定した規約: フォルダ名=可読タイトル（2026-07-10変更、0008追記参照。 例:脳過剰主張症候群と刑事責任（Morse 2006））、ノートfrontmatterに 上記3キー必須（citekeyの結合はfrontmatter経由）。 v2再抽出＋kbダイジェスト（2026-07-10、Fable 5）: gpt-5.5＋統制語彙 テンプレートresearch/hypothesis_hypergraphで再抽出（483ノード/229エッジ、 統制語彙100%準拠）→v2採用、v1はR2 trash/へ退避。 scripts/make-kb-digest.py（LLM不使用の機械的連結）でエクスポートから ダイジェスト生成→kb hypothesis-sekininに追加（原文＋日本語構造の 二層RAG、Co-Writer用）→R2 sources/<citekey>/digest.mdにも保存。 発見したバグと修正: OpenAlexのpdf_urlがランディングHTMLを返すケース →oa-mcp側に%PDF検証＋citation_pdf_urlメタタグフォールバックを実装済み。 品質課題（次の改善候補）: ①長文全文の抽出はノード粒度が細かすぎる （542/16頁）→要約経由や仮説関連限定ガイドラインを検討。②言語固定ルール 下でもminiモデル×英語原文でtypeに他言語（デーヴァナーガリー）が混入する 事例を確認（言語一貫性PRの検証材料）。

• 行動ログ受け皿＋Quartoダッシュボード: decisions/0009 （追記でGrafana→Quarto静的方式に変更、ゼロ常駐）。knowledge/配下に SQLiteの受け皿を作り、機械可読ログ1種（llmwiki ingest件数など）の取り込み →日次集計Rスクリプト（閾値判定→通知までここで行う）→format: dashboard の.qmdをrender→npx wrangler pages deployでCloudflare Pagesへ公開 （Cloudflare Accessポリシー必須、0009追記参照。vps Caddyは開発 プレビュー用）、をcron/Goose scheduleで回すところまで。 耐久性はR2一方向syncに.sqliteダンプを載せて確保（D1は受け皿に使わない。 Web配信層用に保留、0009追記参照）。Grafanaはリアルタイム監視が必要に なった時のアップグレードとして保留。

• Research-Wiki雛形作成: decisions/0007に 従い、knowledge/research/main-research/を作成（analyses/、_quarto.yml、 _output/）。総合研究仮定リスト/仮定リスト.mdの仮説のうち、ユーザーが 指定した1〜2件についてLLM-Wiki概念ページと同名slugの.qmdを作成し、 quarto renderで_output/にHTML化、web/app/public/research/へコピーする ところまでを実装する。設計・実現性確認は完了済み（本ドキュメントは Codex/OpenCode Go軽量モデルが単独で実行できる粒度で書かれている）。

Fable 5に残す領域（全消化、2026-07-05）

• Paper-Wiki/Law-Wiki/Data-Wikiとllmwikiページのfrontmatter・wikilink規約の整合設計 （decisions/0004の未決定事項）
• web/（Fumadocs + Motion/Lenis + WCAG 2.2 AA）の土台設計（decisions/0001、0003）
• 新しい外部システムとの接続の初回経路確立全般